Séquençage de nouvelle génération

Ces dernières années, l’essor des technologies de séquençage à haut débit a permis des avancées spectaculaires dans la compréhension des systèmes biologiques. En effet, ces approches dites « omics » (dont le suffixe signifie « globalité ») permettent d’accéder à l’ensemble de la diversité taxonomique (biodiversité des espèces : métabarcoding, génomique) et fonctionnelles (capacité métabolique théorique et/ou exprimée : métagénomique, métatranscriptomique) d’un écosystème. Ainsi, ces nouvelles approches sont devenues indispensables pour étudier tous les écosystèmes, y compris marins, mais également pour valoriser les produits de la mer et assurer aux consommateurs un aliment sain et sûr.

Le plateau séquençage de nouvelle génération (NGS, en anglais) a pour ambition de regrouper dans une unité de lieu l’ensemble des technologies de séquençage à haut débit et de devenir un plateau de référence nationale pour l’étude des écosystèmes marins jusqu’à la valorisation des produits de la mer. Dans le cadre de la première phase du projet IDEAL, les actions proposées vise à étudier la biodiversité des écosystèmes marins à partir des analyses moléculaires de l’eau et/ou des sédiments (ADN environnemental), identifier les risques pathogènes (bactériens) et répondre aux questions relatives à la qualité et la sûreté sanitaire des produits de la mer et de leurs dérivés dans un contexte de pollution anthropique (notamment par les microplastiques).